Nació el 8 de marzo de 1986 en Bogotá D.C. Era hijo de Zoraida Isabel Muñoz Badillo y José Arnulfo Soto. Sus familiares lo conocían como Matías. El 28 de julio de 2008 fue el último día que su madre lo vio, con la promesa de verse en la noche. Un año después, investigadores del CTI confirmaron que Yonny había muerto en un combate con el ejército en agosto de 2008. En enero de 2010 se recuperaron sus restos que reposaban en fosas comunes en Ocaña, Norte de Santander, junto a cuatro cuerpos más. La familia Soto Muñoz fue reconocida como víctima ante la Jurisdicción Especial para la Paz en julio de 2018.